Xa cảng Miền Tây tồn tại từ trước năm 1975. Tháng 7 năm 1975, bến xe đổi tên thành Bến xe Miền Tây với diện tích mở rộng là 39.000 m². Năm 1976, bến xe thuộc công ty xe khách Miền Tây. Năm 1992, bến xe trở thành doanh nghiệp nhà nước độc lập thuộc Sở giao thông công chính Thành phố Hồ Chí Minh.

Tháng 7 năm 2004, bến xe Chợ Lớn sáp nhập vào bến xe Miền Tây.

Từ năm 2004, bến xe thuộc Tổng công ty cơ khí giao thông vận tải Sài Gòn (SAMCO), với tên gọi công ty cổ phần Bến xe Miền Tây vào năm 2005.[1]

Tháng 11/2014, UBND Thành phố Hồ Chí Minh phải ra một văn bản chấp thuận việc thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng đất cho 20 ha tại khu E - Khu đô thị mới Nam Thành phố (xã An Phú Tây, huyện Bình Chánh) để đầu tư xây dựng bến xe Miền Tây mới, thay vì xây dựng tại xã Tân Kiên như phê duyệt trước đó.